Ben van Berkel estudió arquitectura en la Academia Rietveld de Ámsterdam y en la Architectural Association de Londres, obteniendo el diploma AA con honores en 1987. En 1988 fundó el Van Berkel & Bos Architectuurbureau con Caroline Bos, ampliando sus proyectos teóricos y de escritura a la práctica de la arquitectura. En 1998 Ben van Berkel cofundó UNStudio (United Net).
Ha dado conferencias y enseñado en muchas escuelas de arquitectura de todo el mundo. Actualmente ocupa la cátedra de profesor visitante Kenzo Tange en la Escuela de Diseño de la Universidad de Harvard. En 2018 fundó UNSense, una empresa de Arch Tech con sede en Ámsterdam que diseña e integra soluciones tecnológicas centradas en el ser humano para el entorno construido.